Hallintoneuvosto ja hallitus
Säätiön asioita hoitaa ja sitä edustaa hallitus. Hallituksen puheenjohtaja on asianajaja, senior partner Mikko Heinonen.
Säätiön hallintoneuvoston puheenjohtajana toimii valtiosihteeri Matti Anttonen ja varapuheenjohtajana valtiotieteiden lisensiaatti Aino-Maija Luukkonen.
Asioiden esittelyn ja täytäntöönpanon hoitaa säätiön toimisto. Apuraha-asiat säätiön hallitukselle esittelee professori Riitta Pyykkö. Toimiston esimiehenä toimii toimitusjohtaja KTM Mikael Luukanen.
Hallintoneuvosto
Turun Yliopistosäätiön hallintoneuvosto koostuu sääntöjen mukaan Turun yliopiston edustajista, Turun Suomalaisen Yliopistoseuran edustajasta, Turun kaupungin edustajista sekä julkisen ja talouselämän asiantuntemusta edustavista jäsenistä.
Hallitus
Säätiölain ja Turun Yliopistosäätiön sääntöjen mukaan säätiön asioita hoitaa ja sitä edustaa hallitus.